なぜ、建物だけ又は土地だけに担保権を設定するのか、ということでよろしいでしょうか？

債権者がなぜ担保権を設定したいのかというと、自己の債権を確実に回収したいからです。不動産の利用を目的としていません。

例えば、債務者兼設定者であるとして、建物だけに抵当権を設定して、法定地上権の地代又は賃借権を設定しその地代を債務者が得て、それを債権回収に充てることが考えられます。土地建物すべて失い自己破産するよりもましかもしれません。また、建物利用者がもっといい条件で土地を買ってくれるかもしれません。
債権者側からは、そもそも、べたべた抵当権があって、建物(土地）からしか債権回収の見込みがないのかもしれません。いろいろ想定されます。設定者・担保権者双方にとって満足のいく契約をするために自由度を上げる必要があるでしょう。

次に敷地権付き区分建物ですが、
敷地権である旨の登記がある場合、分離処分が禁止されます。分離処分が認められるとtomatoyaさんが危惧されるとおりだし、法律関係も複雑になります。
一方、上記のとおり、敷地権である旨の登記をする前の契約当時者の双方の利益もあるわけで、その分は保証しなければなりません。そこで区分所有法73条第3項但し書きのような例外規定を設けました。ただ、建物しか効力が及ばないので当該建物を利用するものにとっては非常に不便です。当然資産価値も減ります。そういったことを公示して取引の安全を確保しておく必要があります。

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nyanta　2019-05-06 13:23:40

nyantaさん 契約当事者の利益の保護と取引の安全の為の登記という事ですね！曖昧な質問に的確にお答え下さりありがとうございます！
担保権の意義や当事者に契約上の利益がある事から示して下さりとても分かりやすくスッキリしました。

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tomatoya　　2019-05-06 19:20:51