敷地権がらみは結構いろいろと出てくるのでものすごく端的にご質問のケースだけにピンポイントに書かせてもらうと、以下の状態が単純な理解になるかと思います。
（敷地権付き区分建物の場合、保存登記と絡めて出てくるケースも多いので、保存関係は一切無視して所有権移転に特化して書いてます）

所有権移転に関しては敷地権の登記後はご認識の通り原因が敷地権設定前に発生している場合に「仮」登記ができるだけで、所有権移転登記はできません。

抵当権の場合は、敷地権設定前に敷地に抵当権が設定されており、建物が出来上がった後で同じ被担保債権に対して建物だけに抵当権を追加設定するケースはOKです。
もともと土地だけに設定されていた抵当権に建物も追加する＝同じ被担保債権を担保する抵当権が設定されるという事でこの場合は分離処分には該当しません。
このケースは分譲マンションではちょっと考えにくいというか、普通は発生しないケースだとは思いますが賃貸マンションなんかではあるんじゃないかと思います。

賃貸マンションを建てたくて土地を買う。
買うときに銀行にお金を借りて、土地に抵当権を設定する。
建物が出来上がる。
出来上がった建物に土地と同一の被担保債権を目的とする抵当権を追加設定する。
（建物の建築費用は無視しちゃってますが、例えとしてはこんな感じだと思います）

参考になった：2人

muneshin　2023-05-03 16:06:54

muneshinさん、ご丁寧な回答有難う御座います！
十分に理解できました。助かりました！

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yui0421　　2023-05-04 15:14:27